殺菌在食品加工過程中是非常重要的一個環節，直接影響到軟包裝食品的品質和貨架期。食品軟包裝采用的殺菌方法主要有熱殺菌和非熱殺菌兩大類。熱殺菌的主要目的是殺滅在食品正常保質期內可導致食品腐敗變質的微生物。一般達到殺菌要求的熱處理強度足以鈍化食品中的酶活性。下面主要展開食品軟包裝的具體一些熱殺菌方法。

熱殺菌

是以殺滅微生物為主要目的的熱處理形式，主要分為巴氏殺菌，殺菌的方法通常以壓力、溫度、時間、加熱介質和設備等來劃分，以壓力劃分可分為常壓殺菌和加壓殺菌；殺菌的加熱介質可以是熱水、水蒸氣、水蒸氣和空氣的混合物以及火焰等。

1常壓濕熱殺菌

主要以水（也有用水蒸汽）為加熱介質，殺菌溫度在100℃或100℃以下，用于酸性食品或殺菌程度要求不高的低酸性食品的殺菌。殺菌時罐頭處于常壓下，適合于金屬罐、玻璃瓶和食品軟包裝為容器的肉類。殺菌設備有間歇式和連續式的。

2高壓蒸汽殺菌

利用飽和水蒸汽作為加熱介質，殺菌時罐頭處于飽和蒸汽中，殺菌溫度高于100℃，用于低酸性食品的殺菌。殺菌時殺菌設備中的空氣必須被排盡，有利于溫度保持一致。在較高殺菌溫度時，冷卻時一般采用空氣反壓冷卻。殺菌設備有間歇式和連續式的，食品軟包裝在殺菌設備中有靜止的也有回轉的。回轉式殺菌設備可以縮短殺菌時間。

3高壓水煮殺菌

利用空氣加壓下的水作為加熱介質，殺菌溫度高于100℃，主要用于玻璃瓶和軟性材料為容器的低酸性罐頭的殺菌。殺菌（包括冷卻）時罐頭浸沒于水中以使傳熱均勻，并防止由于罐內外壓差太大或溫度變化過劇而造成的容器破損。殺菌時需保持空氣和水的良好循環以使溫度均勻。殺菌設備主要是間歇式的，但罐頭在殺菌時可保持回轉。軟罐頭殺菌時則需要特殊的托盤（架）放置食品軟包裝以利于加熱介質的循環。

4空氣加壓蒸汽殺菌

是利用蒸汽為加熱介質，同時在殺菌設備內加入壓縮空氣以增加罐外壓力、減小罐內外壓差。主要用于玻璃瓶和軟罐頭的高溫殺菌。殺菌溫度在100℃以上，殺菌設備為間歇式。其控制要求嚴格，否則易造成殺菌時殺菌設備內溫度分配不均。

5熱裝罐密封殺菌

是對裝罐前的食品進行熱處理，然后趁熱立即將食品裝罐密封，利用食品的余熱完成對密封后罐頭的殺菌或進行二次殺菌，達到殺菌要求后再將罐頭冷卻。主要用于汁醬類酸性食品的殺菌。殺菌設備多用管式或片式，對裝罐容器的清潔無菌程度要求較高，密封后多將罐頭倒置，以保證對罐蓋的殺菌。

6預殺菌無菌灌裝

是使食品在預殺菌過程中達到殺菌要求，然后冷卻至常溫，在無菌的狀態下裝入經滅菌處理的無菌容器中并進行密封（封罐）。多用于液態和半液態食品的殺菌。預殺菌在熱交換器中完成，時間短。無菌裝罐可在無菌包裝設備或系統中完成，是一種連續的高溫短時或超高溫瞬時殺菌方法。適用于食品軟包裝材料和金屬、塑料容器。